Возложив в 962 году императорскую корону на голову Оттона I, германского короля из рода герцогов Саксонских, папа Иоанн XII возродил традицию имперской власти, находившейся в упадке с начала X века, когда окончательно распалась держава Каролингов. Папа, человек весьма сомнительных достоинств, вступил в союз с германским королем из сугубо политических соображений — дабы обезопасить себя от агрессивного итальянского короля БеренгараП. Впоследствии Иоанн рассорился с Оттоном, но саксонская императорская династия была основана, а вместе с ней возникла и «Священная Римская империя», объединявшая под властью нового владыки христианского Запада Германию и Италию. Более того, соглашение между папой и императором определяло характер их дальнейших взаимоотношений, не слишком выгодный для римского понтифика: «Избранного папу не могли интронизировать до тех пор, пока император не утвердит результаты выборов, а сам папа не принесет присягу на верность императору… Оттон на время освободил папу от влияния [римской] аристократии, но одновременно вынудил его подчиниться своей власти. Совершился почти такой же процесс, как и при Карле Великом».
Такая ситуация сохранялась до второй половины следующего, XI столетия, когда римско-католическая церковь вступила на путь григорианских реформ, в рамках которых церковь стремилась избавиться от опеки со стороны светской власти. Эти реформы неизбежно вели к столкновению интересов папства и империи. Противостояние растянулось на двести лет, то затухая, то вновь обостряясь. Одно из обострений произошло во второй половине XII века, когда императорский трон занял родоначальник Гогенштауфенов, Фридрих I Барбаросса. Его попытки укрепить свою власть не только в Германии, но и в Италии натолкнулись на ожесточенное противодействие городских общин и папства. К тому времени североитальянские города, формально считаясь вассалами императора, фактически были независимы: они сами «избирали гражданских и военных лидеров, имели собственные суды, собирали налоги, устанавливали свои территориальные границы». В 1158 году, созвав имперский сейм в Ронкалье, император пошел ва-банк. Он потребовал восстановления своего права назначать городских чиновников на территории древнего Итальянского королевства (то есть на всем полуострове, кроме земель папы и Сицилийского королевства, где тогда правила нормандская династия), а также выплаты регалий — податей, причитавшихся имперской казне, в том числе ряда судебных и таможенных пошлин. Города отвергли эти притязания. Результатом стала многолетняя война, в ходе которой войско Фридриха до основания разрушило Милан (1162). Позднее против императора сложилась Ломбардская лига, членами которой стали почти все основные города севера Италии. Лигу поддержал властный папа Александр III (11591181), давний враг императора. В 1176 году в решающей битве при Леньяно войско Барбароссы было разгромлено, и заключенный позднее в немецком Констанце мир (1183) стал однозначным поражением императора: города сохранили почти все свои свободы и привилегии.
Вскоре, однако, империя нанесла ответный удар. В 118б году сын Фридриха Барбароссы, Генрих, женился на Констанции, наследнице богатого Сицилийского королевства, включавшего в себя остров Сицилия и земли юга Италии, завоеванные нормандцами в ХI-ХII веках (подробнее об истории возникновения Сицилийского королевства речь пойдет в главе IV). Пару лет спустя, когда умер бездетным Вильгельм II, последний законный отпрыск нормандской династии Отвилей, Генрих от имени жены предъявил претензии на корону Сицилии. В 1191 году он выступил в поход на юг. К тому времени из Малой Азии пришла весть о гибели старого императора Фридриха, утонувшего во время крестового похода при переправе через реку. Генрих VI, которого большинство хронистов изображает умным и решительным, но крайне безжалостным человеком, короновался императором в Риме, после чего обрушился на сицилийцев, успевших избрать своим королем Танкреда, незаконнорожденного сына одного из Отвилей. Германские рыцари Генриха быстро подавили сопротивление сторонников Танкреда (к тому времени скончавшегося) и его малолетнего сына. Династия Гогенштауфенов воцарилась на юге Италии.
Хотя Генрих VI умер от малярии уже в 1197 году, в возрасте чуть за 30, он успел произвести на свет сына, будущего Фридриха II. Мать ребенка, королева Констанция, лишь на год пережила мужа. Она решила не возвращать сына на родину Гогенштауфенов, в Германию, а отдала его перед смертью под покровительство нового папы — уже известного нам Иннокентия III. Как отмечает биограф Фридриха II Эрнст Канторович, «Иннокентий III дорого продал свою дружбу. Констанция была вынуждена… умолять папу стать феодальным сеньором Сицилии… Ей пришлось принять конкордат, по условиям которого уникальной независимости сицилийской церкви и всем церковным привилегиям королей Сицилии пришел конец… В своем завещании она назначила папу регентом королевства и опекуном ее сына».
Несмотря на то что Сицилию в первые годы XIII века сотрясали междоусобицы, юный Фридрих не только выжил, но и умудрился получить неплохое по тем временам образование и отстоять свой трон от посягательств претендентов. Однако императорскую корону он утратил: курфюрсты предпочли более зрелых кандидатов — вначале Филиппа Швабского, младшего брата Генриха VI, а затем Оттона IV из династии Вельфов. Их обоих связывали крайне непростые отношения с папским Римом, поскольку Иннокентий III стремился укрепить свои позиции в качестве не только духовного, но и политического лидера западного христианства, оттеснив императоров на задний план. Своего подопечного Фридриха он использовал как припрятанный в рукаве козырь: сын Генриха VI всегда мог пригодиться в качестве альтернативы Оттону, если тот рассорится с папой — а так оно в итоге и вышло.