Энергичный Оттон IV, проявивший деспотические замашки, быстро утратил популярность среди германских князей. Они «хотели короля, который положил бы конец частным войнам, утвердил справедливость и защитил Германию от происков папы; с другой стороны, они видели, что политика Оттона направлена на достижение целей, лежавших за пределами Германии и даже Ломбардии. Это грозило долгим конфликтом с папством в Италии и с сицилийским отпрыском Гогенштауфенов, к которому многие сохраняли… симпатии». Когда Оттон выступил в поход на юг Италии, чтобы припугнуть папу и изгнать Фридриха из его владений, на итальянской шахматной доске вновь была разыграна та же партия, что и при Барбароссе: император против ряда феодалов, городских коммун и поддерживающего их папы. Единственным отличием было участие в этой партии Фридриха как альтернативного претендента на императорскую корону, выступавшего в союзе с папой, — впрочем, такие комбинации уже встречались в более ранние эпохи.
Как и при Барбароссе, императорская партия потерпела поражение. Молодой Фридрих перешел в контратаку и, направившись со своими сторонниками в Германию, нанес Оттону IV тяжелое поражение, от которого тот уже не оправился. В 1212 году Фридрих II был коронован в качестве германского короля в Майнце, а три года спустя — повторно, в Аахене, древней столице Карла Великого. Но этот успех Гогенштауфена вряд ли сильно обрадовал папу. Люди, сменявшие друг друга на папском престоле, были разными, однако геополитические интересы Рима оставались неизменными. И этим интересам никак не отвечало объединение под одним скипетром Германии и Сицилийского королевства. Ведь папские земли в центре Апеннинского полуострова и союзные римскому понтифику города Ломбардии и Тосканы оказывались в таком случае взятыми в клещи с севера и юга. Именно с этой целью, очевидно, Барбаросса когда-то женил своего сына на сицилийской принцессе: «…Блокировать надоедливых норманнов, вечно помогавших врагам империи; создать на крайнем юге [Европы] опорную базу Гогенштауфенов, симметричную их базе к северу от Альп, и из этих двух областей — вне зависимости от настроений германских князей — наблюдать и сдерживать оказавшийся между ними Patrimonium и вечно неспокойную Италию…». Теперь плод «сицилийского брака», Фридрих II, мог реализовать мечту Фридриха I, превратившись из подопечного и союзника папы в его ярого противника.
Взаимоотношения властного, талантливого и экстравагантного императора (этим титулом молодой Гогенштауфен обзавелся в 1220 году после коронации в Риме) и четырех пап, занимавших Святой Престол в эпоху его правления, были неизменно напряженными. Пожалуй, наименьшие трения у Фридриха II возникали с Гонорием III, увлеченным поддержкой многолетнего крестового похода против альбигойцев в Окситании. Последнее вполне устраивало Гогенштауфена, который редко вмешивался в окситанские дела. Конфликты между папой и императором касались в основном сроков крестового похода на Восток, в который Фридрих пообещал отправиться еще в 1215 году, но выполнил обещание лишь 14 лет спустя, когда в Риме был уже новый папа — Григорий IX. При нем отношения папства и империи заметно ухудшились. Григорий заявил о себе как о продолжателе дела Иннокентия III, добивавшегося безусловного подчинения императоров власти пап: как писал папа Иннокентий еще в 1198 году, Бог «создал два великих достоинства, большее — для власти над душами, как бы владыку дня, и меньшее — для власти над телами, владыку ночи. Таковы полномочия понтифика и власть монарха. Так же как Луна получает свой свет от Солнца, которому уступает по своим качествам, положению и силе, так и власть государя пользуется блеском своего достоинства, полученным от понтифика».
Этот принцип вступал в прямое противоречие с воззрениями Фридриха II и его политическими устремлениями. Император был сложной личностью, и недостатков у него хватало. Этот Гогенштауфен, при всех своих культурных и научных интересах, ничуть не отличался от большинства средневековых правителей по части жестокости и неразборчивости в средствах и политических связях. Так, одним из его ближайших союзников и помощников был Эццелино да Романо, правитель Вероны, Виченцы и Падуи, прославившийся жестокостью, необычайной даже для тех далеко не вегетарианских времен. Сам Фридрих к концу жизни стал проявлять параноидальную подозрительность, стоившую жизни или свободы многим его приближенным — в частности, знаменитому юристу и дипломату Пьетро делла Винье. Имели под собой все основания и предъявлявшиеся Фридриху обвинения в аморальности, содержании гарема, в наличии у него множества бастардов — впрочем, незаконнорожденные дети имелись тогда у большинства монархов и крупных сеньоров. Словом, Риму, конечно, было в чем упрекнуть императора, если бы сами первосвященники и их союзники представляли собой образцы христианских добродетелей.
Папская курия изображала императора «предтечей Антихриста» или даже самим Антихристом. Равнодушие к делам веры и тайный атеизм, в котором иногда подозревают этого императора, очевидно, являются отголосками враждебной Фридриху пропаганды, которая умело перемешивала факты и вымысел. Ему приписывали оскорбительные высказывания в адрес Христа, а также покровительство мусульманам и иудеям, несмотря на то что в своих землях, прежде всего в Сицилийском королевстве, Фридрих II поддерживал духовенство и принял несколько весьма жестких законов против еретиков. Впрочем, как замечает один современный автор, «последовательность аргументов совершенно не интересовала курию в ее пропагандистской войне» с императором. Отметим, кстати, что Фридрих перед смертью распорядился похоронить себя в простом одеянии цистерцианского монаха — шаг, вряд ли свидетельствующий о его презрении к христианству.