Подлинная причина обострившегося конфликта между папством и империей была чисто политической. Претензии Рима на роль «солнца» в христианском мире вступили в столкновение с концепцией Гогенштауфена, который «рассматривал себя как князя мира, опору justitia, a именно — принципа моральной оправданности, лежащего в основе справедливой власти; но, помимо этого, он был охвачен стремлением, дававшим направление всей его политике, — сохранить свою династию и принадлежавшие ей земли». Характерно, что Фридрих II вел гибкую политику, неодинаковую в различных его землях. Если в Сицилийском королевстве, доставшемся ему по наследству от матери, он действовал как жесткий централизатор и подлинный наследник нормандцев, создавших на юге Италии режим сильной королевской власти, то в Германии, где император вынужден был опираться на избравших его курфюрстов и иных крупных сеньоров, он сознательно закрепил за ними весьма широкие полномочия. Тем самым германская часть империи фактически превратилась в рыхлую конфедерацию герцогств, графств и имперских городов.
Наконец, на севере Италии Фридрих лавировал между городскими коммунами, стремясь избежать повторения ошибки своего деда, объединившего против себя почти все здешние города. Отчасти императору это удалось: так называемая вторая Ломбардская лига была куда менее сплоченной, чем первая. Как отмечает Эдвард Коулмэн, тогдашние действия городов представляли собой скорее «внутренний конфликт между ломбардцами, в котором противоборствующие стороны обращались за помощью то к папе, то к императору, то к сыну Фридриха — Генриху, то к другим силам, а не создавали единый фронт по образцу 1160-х годов. Тем не менее боевые действия развивались по схеме первой Ломбардской войны: первоначальные успехи императора, Кремоны и других проимперских городов (Кортенуова, 1237)) последующий пат и, наконец, перелом в войне (Парма, 1248). Антиимперские коммуны снова возглавил Милан, а поддержку им оказывали сменявшие друг друга папы». Таким образом, большая часть правления Фридриха II прошла в войнах на территории Италии, ход которых к концу 1240-х годов был не слишком благоприятен для императора.
К тому же Фридрих буквально высасывал все соки из своих южноитальянских владений, направляя собранные подати прежде всего на военные нужды. Довольно стройная по тем временам административная система, созданная в Сицилийском королевстве нормандцами, была усовершенствована Гогенштауфенами, но результатом этого явилось не процветание королевства, а финансирование бесконечных военных экспедиций монарха. Бунта, однако, это не вызвало, так как в Сицилии император тщательно соблюдал обычаи, установившиеся еще при его нормандских предшественниках: он «был решительно настроен получить причитавшиеся ему средства, но никогда не сомневался в том, что добиться этого можно, лишь последовательно придерживаясь традиционных административных практик. В свою очередь, местные общины знали, что налоги будут заплачены, но не в результате произвола, а в соответствии с местными обычаями». Для людей Средневековья верность традиции являлась очень важным фактором: в их представлениях «золотой век» всегда относился к прошлому, и традиции были единственно возможной основой «правильного» общественного бытия. Фридрих II понимал это и тщательно маскировал все свои сицилийские новации под восстановление «старых добрых» порядков времен Отвилей. У Карла Анжуйского позднее, как мы увидим, это получалось заметно хуже.
Эпоху Фридриха II можно во многих отношениях считать блестящей, а стабильность его власти вызывает восхищение, ведь значительную часть своего правления он провел в отлучении от церкви, что в те времена было фактором, резко ослабляющим позиции любого государя. Тем не менее это был блеск заката. При всем почтении, которое вызывает фигура этого необычного государя, обладавшего не только талантом политика, но и задатками ученого, философа и поэта, трудно не согласиться с отрезвляющим замечанием одного историка: Фридриху «не удалось разрешить три унаследованные им проблемы — отношения с папством, с ломбардскими городами и взаимоотношения между Сицилией и империей».
Конфликт с императором, однако, в значительной мере истощил и папство, которое в лице Иннокентия IV (1243–1254) обрело последовательного, бескомпромиссного, но недальновидного защитника доктрины примата пап над светскими властителями. Стивен Рансимен дал ему нелестную, но, судя по всему, достаточно справедливую характеристику: «Немного было пап столь же постоянных, столь же неутомимых и смелых в борьбе за свое дело, как он; но немного было и столь же неразборчивых в средствах, коварных и готовых использовать духовные средства для достижения земных целей… Он был твердым и бесстрашным защитником папства, но папство заслуживало более благородного защитника». В 1245 году на Лионском соборе Иннокентий IV предал Фридриха II анафеме и объявил о лишении его императорского трона. Но борьба продолжалась еще несколько лет, пока незадолго до Рождества 1250 года из Апулии, области на юго-востоке Италии, не пришло известие о смерти находившегося там императора — судя по всему, от дизентерии.
Наследником Фридриха стал Конрад IV, его 22-летний сын от брака с Изабеллой (Иоландой) де Бриенн, королевой Иерусалимской. Именно Конраду были адресованы мудрые слова отца, написанные незадолго до смерти: «Славное происхождение недостаточно для королей, как и для других великих людей земли, если блестящий род не дополнен благородным характером, если выдающиеся усилия не соответствуют высоте положения государя. Люди не ценят королей и цезарей больше остальных потому, что они выше по своему положению, но потому, что они видят дальше и действуют лучше. Как люди они равны остальным по своей природе, они связаны с ними и не имеют причин для гордости, если только благодаря своей добродетели и мудрости не затмят окружающих. Они рождены людьми и умрут людьми».